По време на кариерата си стражът играе за италианските Удинезе (1955-1958), Рома (1958-1966), Бреша (1966-1967) и Милан (1967-1972). С тима от Рим той спечели Купата на Италия (1964). Заедно с Милан триумфира с титлата в Серия А (1968), Купата на Италия (1972), Купата на носителите на купи (1968) и Междуконтиненталната купа (1969). През сезон 1967/1968 Милан печели втората европейска купа в историята си (сега Шампионска лига).
Фабио Кудичини беше баща на бившия вратар на Челси, Тотнъм и Лос Анджелис Галакси Карло Кудичини.